Kierownik Zakładu Psychologii Klinicznej i Neuropsychologii Instytutu Psychologii UG w Gdańsku (od 2006 roku), współzałożyciel i konsultant Gdańskiego Centrum Badań Neuropsychologicznych NZOZ-u Gdańsk-Południe (od 2008 roku), konsultant Centrum Terapii Poznawczej i Komunikacji (Center for Cognition and Communication) w Nowym Jorku (od 2004 roku), założyciel i Prezes Polskiego Towarzystwa Neuropsychologicznego (PTNeur) (od 1992 roku), założyciel i Wiceprezes Polskiego Towarzystwa Neurolingwistycznego (od 1994 roku), założyciel i Prezes Fundacji na Rzecz Osób z Dysfunkcjami Mózgu (od 1994 roku), redaktor naczelny kwartalnika Acta Neuropsychologica, oficjalnego kwartalnika Polskiego Towarzystwa Neuropsychologicznego (PTNeur) (od 2003 roku).
Autorka ponad 100 prac z dziedziny neuropsychologii, w tym 27 oryginalnych artykułów naukowych opublikowanych w renomowanych czasopismach z Listy Filadelfijskiego Instytutu Informacji Naukowej z Impact Factorem obejmujących m. in. odkrycie i opis, wspólnie z Prof. Salvatore DiMauro z Columbia University oraz Prof. Bruce Duncanem MacQueenem z Uniwersytetu Gdańskiego) nowej mutacji genu u pacjentki z zespołem MELAS powodującej dwufazową (epizodyczną i wolnopostępującą) afazję i otępienie (Aphasiology, 15(6), 599-615) oraz opisy autorskich metod diagnozy i terapii neuropsychologicznej.
Jest autorką 7 książek, w tym monografii Afazjologia (Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 1999) i ostatnio dwutomowego podręcznika Neuropsychologia kliniczna: Urazy mózgu (Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2007) oraz Rehabilitacji Neuropsychologicznej (Wydawnictwo UMCS, Lublin 2008), współautorką 2 książek, w tym Tożsamość człowieka a teoria mikrogenetyczna (opracowanej wspólnie z Prof. Bożeną Grochmal-Bach, Kraków: WAM 2004). Opublikowała ponad 30 rozdziałów w książkach, w tym: The collapse of the US -THEM structure in aphasia: a neuropsychological and neurolinguistic perspective. [W:] Duszak A., red., Us & others. Amsterdam: John Benjamins (2003), a także The Microgenetic Revolution in Contemporary Neuropsychology and Neurolinguistics opracowanego wspólnie z B.D. MacQueen’em [W:] Weber M., Weekes A. (eds.) Whiteheadian Approaches to Consciousness in Psychology, Neuropsychiatry and Philosophy of Mind, Whitehead Psychology Nexus Studies II, Lancaster/ Ontos Verlag (2007). Opracowała (wspólnie z Prof. Bruce Duncanem MacQueneen oraz Prof. Jasonem W. Brownem) hasło do encyklopedii dotyczące mikrogenetycznej teorii świadomości „Microgenetic theory of consciousness” (Encyclopedia of Mind, Oxford University Press 2009).
Jest redaktorem lub współredaktorem 8 książek, w tym Neuropsychology of Mind in Process. Essays in Honor of Jason W. Browna (Frankfurt: Ontos Verlag 2008). Książka ta uzyskała znakomite recenzje za granicą w tym ostatnio recenzję Prof. Stephena E. Levicka z Uniwersytetu w Pensylwanii (The Journal of Nervous and Mental Disease, Vol. 197 (8) August 2009:635-636).
Członek licznych krajowych i międzynarodowych towarzystw naukowych, w tym International Neuropsychological Society od 1992 roku, członek Rady Naukowej wielu czasopism w Polsce i na świecie, w tym Aphasiology (od 1987 roku) oraz Medical Sciences Monitor (od 2002 roku). Cytowana m. in. w Who is who in the World (od 1997 r.) oraz w Dictionary of International Biographies (od 2002 r.).
W 2008 roku otrzymała – Nagrodę indywidualną I stopnia Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego za osiągnięcia dydaktyczne za podręcznik akademicki pt.: „Neuropsychologia kliniczna: Urazy mózgu (Tom I i II) wydany przez Wydawnictwo Naukowe PWN w 2007 roku”. Nagroda ta jest jedną z wielu, otrzymanych przez Prof. Marię Pąchalską w kraju i za granicą prestiżowych nagród, w tym również nagród Ministra, za działalność naukową i dydaktyczną w czasie jej 30-letniej pracy.
Przyczynia się w sposób istotny do rozwoju i popularyzacji nauki polskiej za granicą poprzez publikacje w międzynarodowych zespołach oraz organizację wielu międzynarodowych konferencji poświęconych tematyce osób z uszkodzeniem mózgu, na których swoje wykłady prezentują wybitni uczeni z Polski i z całego świata.